ウィンドウ上部の「追加」をクリックするとリストの最下段に行が追加されるので左から登録したい単語の読み、単語の順で入力します。
右から2番目はダブルクリックするとプルダウンメニューが出るのでメニュー最下部の「抑制単語」を選択します。他は品詞ごとに分類するためのものですが、抑制単語だけは変換候補に表示しないようにするためのものです。
修正したいときは修正したいセルをダブルクリック、削除したいときは削除したい行のいずれかのセルをクリックして選択、上の「削除」をクリックして出てきた確認ポップアップで「Yes」をクリックでできます。
非表示にしたい単語すべてをいちいち登録していかないといけないので面倒ですが、変換候補がスッキリするので、使いやすくなりますよ。